کاربرد خوشه‌بندی فازی در تحلیل پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستی‌شناسی ژنی
نویسندگان
چکیده مقاله:
سابقه و هدف: به‌دلیل ایجاد حجم عظیمی از داده‌های پروتئومیکی و نیاز به روش‌های جدید تحلیل نتایج آزمایشگاهی، تحلیل جمعی پروتئین‌ها می‌تواند علاوه بر صرف زمان کم‌تر ما را در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه داده‌ها یاری کند. تحلیل خوشه‌ای به عنوان یک روش آماری مطلوب، ابزاری است که می‌تواند در تحلیل این‌گونه داده‌ها مورد استفاده قرار گیرد. هدف از این پژوهش ارزیابی کارایی روش خوشه‌بندی فازی در شناسایی الگوهای جدید در مجموعه پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های دستگاه گوارش بوده است. مواد و روش ها: در این پژوهش پروتئین‌های شناسایی شده مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون مورد تحلیل خوشه‌بندی فازی قرار گرفته‌اند. بر اساس هر یک از ابعاد هستی‌شناسی ژنی ( Gene Ontology ) شامل فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد مولکولی، به طور جداگانه روش خوشه‌بندی فازی اجرا گردید و نتایج حاصله با هم مقایسه شدند. یافته ها: پس از خوشه‌بندی فازی پروتئین‌ها، مقدار شاخص غیر فازی بر اساس فرآیند بیولوژیکی، جایگاه سلولی و کارکرد ملکولی به ترتیب 41/0، 55/0 و 35/0 به دست آمد که مخصوصاً در مورد خوشه‌بندی بر اساس کارکرد ملکولی نشان‌دهنده مناسبت روش خوشه‌بندی فازی بوده است. با وجود چشم‌گیر نبودن عرض سایه نمای کل خوشه‌بندی‌های حاصل، اکثر پروتئین‌ها در هر خوشه دارای اشتراکات بیولوژیکی قابل توجه شدند. با بکارگیری نرم‌افزار Term Enrichment و تعیین عبارت‌های غنی شده آماری در مجموعه کل داده‌ها و در خوشه‌ها مشخص شد که روش خوشه‌بندی فازی به خوبی توانسته است الگوهای تفسیر جدیدی را در مجموعه داده‌ها آشکار سازد. نتیجه گیری: با بررسی نتایج حاصل از خوشه‌بندی فازی مشخص شد که این روش می‌تواند در جهت تحلیل بهتر و انعطاف‌پذیرتر پروتئین‌ها مورد استفاده قرار گیرد. روش خوشه‌بندی فازی، پروتئین‌هایی را که دارای تشابهات بیش‌تری بوده‌اند با احتمال بیش‌تری در کنار هم قرار داده است، لذا می‌توان از این روش در حالت‌هایی که مشخصه‌های برخی از پروتئین‌ها مجهول می‌باشد، استفاده نمود. هم‌چنین مشخص شد پروتئین‌هایی که بر اساس تشابهات مولفه سلولی در کنار هم قرار می‌گیرند دارای تشابهات بیولوژیکی و عمل‌کردی نیز هستند که این مساله باید مورد بررسی‌های بیش‌تر قرار گیرد. �
منابع مشابه
کاربرد خوشه بندی فازی در تحلیل پروتئین های مرتبط با سرطان های مری، معده و کلون بر اساس تشابهات تفسیر هستی شناسی ژنی
0
متن کاملمقایسه نتایج خوشه‌بندی سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی پروتئین‌های مرتبط با سرطان‌های مری، معده و کلون براساس تشابهات تفسیر هستی‌شناسی ژنی
Background and Objective: Using proteomic methodologies and advent of high-throughput (HTP) investigation of proteins has created a need for new approaches in bioinformatics analysis of experimental results. Cluster analysis is a suitable statistical procedure that can be useful for analyzing these data sets. Materials and Methods: In this research study, the identified proteins associated wi...
متن کاملمقایسه نتایج خوشه بندی سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی پروتئین های مرتبط با سرطان های مری، معده و کلون براساس تشابهات تفسیر هستی شناسی ژنی
مقدمه و هدف: به کارگیری روش های پروتئومیک و پیشرفت پژوهش های با توان بالای پروتئین ها زمینه ساز نیاز به روش های تازه در تحلیل های بیوانفورماتیک نتایج آزمایشگاهی-شده است. تحلیل خوشه ای، روش آماری مناسبی است که می تواند در تحلیل این گونه داده ها، استفاده شود. هدف از این پژوهش، ارزیابی کارایی روش خوشه بندی فازی در تحلیل پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش بوده است. مواد و روش ها: در ای...
متن کاملمقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure
کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 12 شماره 1
صفحات 14- 21
تاریخ انتشار 2010-09
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023